A finales del s.XIX Bizkaia inmersa en plena Revolución Industrial, perdió población en numerosos y trágicos accidentes laborales. Para responder a las necesidades de las chicas que quedaban huérfanas y sin futuro profesional, Doña Sotera de la Mier, heredera de una de las grandes fortunas industriales de Portugalete, fundó el Colegio Nuestra Señora del Carmen. Sin embargo, el centro, que sería regido por las Hermanas Carmelitas de la Caridad, se quemó.

Doña Sotera de la Mier siguió adelante con su idea y el 12 de agosto de 1891 fundó el nuevo colegio. Las primeras hermanas llegaban a Portugalete a hacerse cargo de las dieciséis huérfanas que habían quedado del antiguo edificio. Aunque en un principio acudieron a Sestao, al año siguiente regresaron a Portugalete para reabrir el centro. El nuevo colegio quedó totalmente acabado el 16 de julio de 1894, al tiempo que quedaba legalmente constituido su Patronato, presidido por Doña Sotera de la Mier. Esta, al no tener descendencia, dispuso desde un principio que a su muerte el Patronato pasara a la familia Chapa, encargada de la economía de Doña Sotera en esa época, quedando como veladores de la obra el párroco de Santa María y el obispado.

En 1935, dada la demanda de instrucción, un grupo de hermanas se traslada a un chalé llamado Villa Carmen, situado en la calle Abaro y que se alquiló para dar clase a párvulos. No se tiene constancia de cuándo acaba esta actividad, pero podemos presuponer que se cerró al iniciarse la guerra.

Con el estallido de la guerra civil, las autoridades obligan a las hermanas a dejar el colegio de Ázeta, el cual se convierte en hogar de huérfanos de milicianos y en cuartel de milicianos y de los italianos, una vez fue ocupado Portugalete.

Tras concluir la guerra, las hermanas vuelven el 17 de agosto de 1937, pero el colegio se encuentra en un estado deplorable a causa de la guerra y los bombardeos. Doña Genoveva de Arisqueta, viuda de Chapa, cede a las hermanas la casa situada en el número 14 de la calle Víctor Chávarri. Pero, al ser insuficiente para la labor docente, el 15 de noviembre de 1937, Doña Genoveva les cede el Palacio Chapa (actual centro).

Tras las obras, las hermanas y alumnas vuelven al colegio quedando el palacio como clase de párvulos. En los años 40 surge la oportunidad de comprar la Casa Chapa en la Plaza del Cristo de Portugalete, que se hace efectiva en 1955, y en los 60 se crea la comunidad de Santa Ana en ese edificio, desvinculándose de la Comunidad del Carmen del barrio de Ázeta. A comienzos de los 70 se procede a la demolición del antiguo palacete para construir el edificio actual con la denominación de Colegio de Santa Ana y en el que se imparte la educación infantil y básica, dejando al Colegio Nuestra Señora del Carmen la formación superior.

En 1972, debido a la creciente presión demográfica del municipio, se abre un nuevo centro escolar en el barrio de Buenavista que se denominará San Juan y al que acudirán las hermanas del Colegio del Carmen. Pocos años después, una pequeña comunidad de hermanas residirá en el barrio a fin de convivir con la realidad propia de la misión. Esta experiencia influirá notablemente en toda una generación de hermanas y vecinos del barrio. En octubre de 1992 el colegio cierra sus puertas, aunque la presencia de las hermanas en el barrio continúa.

Asimismo, debido a lo drástico de los cambios que siguieron a la Transición, las hermanas abrieron una nueva experiencia de vida con una comunidad, que, aunque sita en el edificio del Colegio Santa Ana, era independiente de este. La congregación se abrió a las necesidades pastorales del pueblo y, aunque cerró en octubre de 1981, supuso una experiencia muy enriquecedora para muchos vecinos.

En 1997 los colegios del Carmen y Santa Ana se fusionan bajo la denominación de Colegio Nuestra Señora del Carmen Ikastetxea, manteniendo ambos edificios. En 2010 deja de haber dos comunidades las cuales se juntan en el edificio de la Plaza del Cristo.

En septiembre de 2012 el viejo Colegio del Carmen del barrio de Ázeta deja de tener actividad 120 años después de su inauguración. Toda la enseñanza se traslada al actual edificio de la Plaza del Cristo que alberga todos los niveles educativos. El edificio centenario, finalmente, vuelve a la fundación en noviembre de 2018.

Hoy, cuando la presencia de la congregación de las Hermanas de la Caridad de Santa Ana lleva más de 125 años de presencia en Portugalete, nos seguimos reinventando para que, con la ayuda del personal seglar, continuemos llevando adelante el carisma de nuestra fundadora, la Madre Ráfols, y la inquietud de nuestra benefactora, Doña Sotera de la Mier, por el bien y la educación de los niños y niñas de Portugalete.